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RT-PCR実験開始!

2012.01.28 [大阪] 住吉高等学校

※2月6日にグラフを追加しました

1月21日(土)より、RT-PCR実験を開始しました!

明日、1月28日(土)には前回の実験での結果から、実験の問題点を検証、改善するための実験を行います。

 

今回は、なぜRT-PCRを行うことになったのかについて書いていきたいと思います。

 

コンソーシアムでは発表したのですが、私たちはダイコンの辛み成分は、

葉を傷つけることによって増加するということを発見しました。

これがそのグラフです。

 

2011年12月25日測定ダイコン応答反応(3個体の中央値、耐病総太り).jpg 

今まで何度も同じ実験を繰り返してきて、すべてのデータがこのように(ダイコンの種類によって誤差があるようですが)6日目をピークにして一時的にITC量が増加します。

このグラフはそれらの中で最新のもので、各条件で3検体ずつ採取して、それらのITC濃度の中央値を計算して書いたグラフです。

 

このことから、私たちは、ダイコンが食害に応答してITC又はそのもととなる物質の量を変化させるのはまず間違いないと考えています。

 

ですが、このITCの測定値のグラフだけでは証拠として不十分であると考えた私たちは、生物の代謝を見るうえで最も信頼がおけるであろう"遺伝子の発現を観測する"という方法でダイコンの応答反応を証明しようと考えました。

 

その具体的な方法が"RT-PCR法を用いて"m-RNAを定量"する方法です。

 

 

まずはITCがどのようにして生成されるかということを紹介しましょう。

 

ITCは細胞内の別々の場所に存在する "配糖体;グルコシノレート" と "酵素;ミロシナーゼ" が細胞破壊によって混ざり合い反応することによって生成されます。

 

ミロシナーゼはあくまで酵素なので、配糖体のグルコシノレートの量がITC量を決定する要因であると考えました。

 

そこでグルコシノレートの合成にかかわる遺伝子を調べてみたところ、

PMG1説明図.jpg

このようにPMG1という遺伝子が作り出す転写因子=たんぱく質が、グルコシノレートの合成にかかわる一連の酵素を作り出す遺伝子のスイッチを"オン"にする、"メインスイッチ"のような働きをしていることがわかりました。

 

そこで、今度はたんぱく質の合成のところを詳しく見ると、

 

タンパク質合成図.JPG

ということで、PMG1由来のm-RNAを定量することでグルコシノレートの合成量の変化がわかる!

それを同じように比較することでダイコンの応答反応の証明ができる!

 

と、考えから私たちは実験を進めています。

 

次回は結果を乗せたいと思いますが、きょうはこの辺で、、、、、

 

では、また!

 

 

 

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この記事へのコメント(3)

住吉高校のみなさんへ


東北大の渡辺でございます。おもしろいことを見つけましたね。では、傷がつくということは、生物というか、ダイコンにとって何を意味しているのか。少し考えてみてはどうでしょうか。そうしたとき、この辛み成分が上昇したら、ダイコンにとって何かよいことがあるのでしょうかと。生き物なので、そのあたりは柔軟にできているはずです。傷をつけること以外に、どうやったら、発現が上がるのか、それをやってみるのもおもしろいと思います。


それから、RT-PCRの写真data、グラフのuploadもお願いします。楽しみにしております。


わたなべしるす

グラフがどうしてもはれないのですが、どうしたらいいのでしょう.....

パワーポイントに張り付けてJPGに変換して張り付けてもだめだし、パワーポイントを直接張り付けてもリンクしてくれません(T_T)

どなたかお教え願えますか?

住吉高校のみなさん 西村君へ

小松高校の寺岸です。私が大学時代に専門で扱っていたのはエビで、動物のほうが専門になるのですが、ここ10年くらいは植物が楽しくて、今、大学選びをするなら植物の研究ができるところを選ぶと思います。そのおもしろさは、やはり、太古の昔から存在し、ほとんど移動力はなく、一見無抵抗そうにみえる植物が、今の世でこんなにも幅をきかせているのは、動物以上に巧みな戦略をもっているからではないかと思えるからです。その戦略を考えていくのは非常に楽しいです。住吉高校さんが発見した「辛味成分の変化」もその1つとして興味深いです。是非、地道に研究を進めてください。楽しみです。

さて、グラフのupですが、jpegに変換したとのことですが、それをエクセルに貼り付けて、図としてコピー、その後ペイントに貼り付けてもう1度jpegで保存してみてはいかがでしょうか?もし、Snipping Toolがあるのなら、パワーポイントからそのまま切り取ってjpegで保存すればupできると思いますよ。あとは、私はシステムには詳しくないのですが、マニュアルには画像は日本語ではなく、半角英数字の名前でと書いてあります。これも試してみてはいかがでしょうか?
 

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